A histria de Saber Marionette J comea no sculo 22 quando a Terra est superpovoada e fora a migrao de humanos para outros planetas. Uma das naves, Mesopotamia, sofre uma pane e acaba caindo perto do planeta Terra 2 (assim chamado por possuir condies favorveis vida humana como a Terra). Houve apenas seis sobreviventes, todos homens. Para procriar e dar continuidade vida humana em Terra 2, eles comeam fazer clones partir de seus prprios cromossomos (todos os clones so tambm do sexo masculino). A maioria desses clones possuem cromossomos, misturados entre s, apenas os seis sobreviventes originais so puros e partir desses 6 surgem outros 6 clones puros que dividem Terra 2 em seis Cidades - Estados, e cada um governa uma Cidade - Estado, e elas esto divididas em: Japones (que seria o Japo), Germania (tambm chamada Gartland, que seria a Alemanha), Petelburg (que seria a Rssia), Seian (pronuncia-se Xian, que seria a China), New Texas (que seria os EUA) e Romana (que seria talvez Roma). Por causa da no existncia de mulheres em Terra 2, eles inventaram andrides parecidos com mulheres chamados Marionettes, a nica diferena delas para as mulheres de verdade que as Marionettes no possuem emoes, na sua maioria.
O heri de Saber Marionette J, Mamiya Otaru, vive em Japones 300 anos depois da queda da nave Mesopotamia, ele apenas um garoto pobre que trabalha duro, apesar de tratar as Marionettes com respeito, ao contrrio das pessoas ao seu redor. Um dia acidentalmente ele foi parar no antigo Museu Histrico de Japones, onde se depara com um quadro de Lorelei (uma cientista que estava bordo da Mesopotamia) e suas reaes fazem abrir uma passagem subterrnea onde ele foi parar numa cmara na qual encontra uma Marionette desativada. Inevitavelmente Otaru, acorda a Marionette que instantaneamente retorna vida e se alto denomina Lime. E essa apenas uma das trs Marionettes que Otaru est destinado acordar durante os prximos episdios (as outras Marionettes so Cherry e Bloodberry). Essas trs Marionettes so diferentes das outras Marionettes por possurem o otome kairo, que faz com que elas se comportem como garotas humanas comuns. Juntos os quatro iro lutar para proteger Japones da invaso do ambicioso Faust, de Germania (isto quando Lime, Cherry e Bloodberry no esto lutando entre elas para ver quem fica com Otaru). H no entanto uma misso muito mais importante aguardando por Otaru e suas Marionettes.

Saber Marionette J um show parte, pois uma estria sobre as mais puras e simples emoes: o Amor, a Amizade e a Lealdade. Em poucas palavra, isto mostra a estria na qual envolve mais no-humanos que humanos, e totalmente sobre Humanidade, sobre o que significa ser humano.