No final do sculo 20, o efeito estufa est causando o aumento do nvel do mar. Entre as outras cidades litorneas, Tquio a mais venervel, e a possibilidade de inundao fez eles chegarem a uma soluo radical. O "Babylon Project" consistia em atrasar a inundao ao mximo, enquanto uma nova cidade era construda, usando um grande sistema de represas e terraplanagens. Porm, a mo de obra humana no seria capaz de completar esse projeto. Por isso, eles resolveram usar a ultima tecnologia e conseguiram construir os primeiros Labors, robs humanides gigantes, que poderiam servir para auxiliar os humanos nas construes e no trabalho pesado. Inicialmente feito para construo civil, esses mechs gigantes fizeram a civilizao evoluir mais rpido do que antes. Uma vez que os Labors eram muito teis e fceis de operar, eles logo viraram rotina no mundo, com as mais diversas funes. Labors eram usados nas industrias, nos negcios e, claro, nas Foras Armadas. Porm, isso criou um novo problema: os criminosos comearam a usar Labors para roubar, assaltar, seqestrar, criando o Crime Labor. Para combater esses meliantes, foi criada a Diviso Especial de Veculos de Tquio, Unidade 2. Eles usavam grandes e poderosos Labors para combater o Crime Labor. Eles eram chamados de Patrol Labors, ou apenas PatLabors.
Apesar de que todo o departamento ser considerado uma tremenda perda de tempo e dinheiro, o 1 Comando da Unidade 2 logo ganhou um devido respeito, por fazer seu trabalho como bons profissionais. Mas...que graa teria se o anim retratasse esses personagens "certinhos"? Pensando nisso, Patlabor sobre os personagens do 2 Comando...um grupo de oficiais nada profissionais e desordenado que usa mtodos que fazem eles parecerem mais uma piada do que policiais...sem dizer na destruio que eles causam por onde passam...
Uma grande industria chamada Shinohara produziu um novo rob Labor chamado Ingram. Esse era um dos mais geis, rpidos e poderosos Labors j existentes. To poderosos que seu preo era muito alto para uma grande produo, portanto apenas trs Ingrams foram feitos. Dois deles foram mandados para a Unidade 2. Pensam que eles foram mandados para o 1 Comando? No...eles acreditaram e deram mais uma chance ao 2 Comando, entregando os novos Super-Labors para eles, agora que eles contavam com novos recrutas. Agora, junto com o 1 Comando e o pessoal da manuteno dos Labors, o 2 Comando tem como base um velho hangar de aeroporto na Baia de Tquio. E aqui que a historia comea!
Na verdade, o Segundo Comando composto de timos oficiais...porm, a baderna comea quando todos se renem em um lugar s...o mnimo que pode acontecer so desentendimentos, destruio e confuso! Eles acreditam que podem desobedecer as regras da polcia, se isso puder ajudar a completar a misso. E isso bota eles sempre em grandes problemas. Apesar de suas tcnicas um pouco destrutivas, o 2 Comando sempre compensa isso por terem achado a soluo do problema. Eles tem um tipo de amizade bem especial, fazendo deles quase uma famlia, ajudando muito em seu relacionamento e em suas misses. Porm, como toda boa famlia existem as brigas...as competies...
Logo eles se tornaram uma das unidades mais dedicadas e com mais recursos. Porm, a m reputao deles o perseguem onde eles forem.
Apesar disso, a Segunda Unidade da Diviso Especial de Veculos da Polcia de Tquio continua a proteger a cidade de todo Crime Labor, desde o menor roubo at o maior trfico de drogas. Desde o "ladro de galinhas" at o mais poderoso mafioso. No importa qual seja o crime, por mais ridculo ou estranho que seja, se Labors estiverem envolvidos, a Unidade Dois est presente para manter a paz!